В своей фундаментальной работе "Патриарх Никон и царь Алексей Михайлович" Н.Ф. Каптерев подверг сомнению выводы целого поколения исследователей, во главе с Н.И.Субботиным, которые стремились к идеализации роли Никона. Ученый отметил значение кружка протопопов-"боголюбцев", которые во главе с Иваном Нероновым задолго до Никона начали движение внутреннего церковного возрождения, и показал ужасные последствия Никоновских необдуманных действий. Помимо этого он был первым историком, который подверг сомнению теорию "испорченности" или неправильности старорусского обряда. Он убедительно доказал, что в русской церкви до середины XVII века был употребим обряд, который существовал и в Византии до XII-XIII веков, он сохранил ряд черт ранних древневизантийских обрядов, в том числе и двуперстие. Книга отличается и широтой источниковой базы, которая делает выводы ученого абсолютно доказательными.